A vastagbéltükrözés előtt valamelyik alkari vénába egy apró műanyag kanült (Branül) helyeznek be, és ezen keresztül vénás altatószer (pl. Propofol), valamint fájdalomcsillapító beadására kerülhet sor.

Miután a beteg felfeküdt a vizsgálóasztalra, az orvos elvégzi a végbél ujjal történő vizsgálatát (rektális digitális vizsgálat) – ez az Endomedix központjaiban már a beteg alvó állapotában történik. Ezután beadják az altatószert, melynek hatására a beteg felületes alvásba zuhan.

A végbélnyíláson keresztül a síkosítóval bekent eszközt a végbélbe vezeti az orvos. A bélüregbe levegőt fúj, hogy a nyálkahártyafelszín láthatóvá váljon. Fokozatosan haladva az eszközzel, eljutnak a vakbél területére, esetenként bejutnak a vékonybél utolsó néhány centiméteres szakaszába is.

A vizsgálat során a beteg helyzetét többször változtathatják (bal oldalfekvés, majd háton fekvés), és a hasát az asszisztens masszírozhatja, elősegítve mindezzel az eszköz feljuttatását. A vastagbélbe juttatott levegő miatt és a felhaladás során jelentkező fájdalmat altatásban a beteg nem éli meg.

A vastagbéltükrözés érdemi része a visszahúzás során kezdődik. Ilyenkor alaposan áttekintik a bélüreget, és közben leszívják a befújt levegőt is. A vizsgálat után az endoszkópot kihúzza az orvos. A beteg felügyelet mellett hamar kitisztult tudattal ébred, a bennmaradt levegő pedig természetes úton távozik.